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Abbreviations

  • CFE: Constrained net free energy (complexed-solvated) in kcal/mol.
  • dCFE: Standard error of the constrained net free energy in kcal/mol.
  • UFE: Unconstrained net free energy (complexed-solvated) in kcal/mol.
  • dUFE: Standard error of the unconstrained net free energy in kcal/mol.
  • CC: Cycle closure error of the unconstrained free energy in kcal/mol.
  • MaxCC: Maximum CC for any cycle traversing this node or edge.
  • AvgCC: Average CC for all cycles traversing this node or edge.
  • |Shift|: The absolute change in energy |CFE-UFE| upon enforcing cycle closure contraints.
  • LMI: Lagrange multiplier index (unitless).
  • AvgLMI: Average LMI of all edges connected to this node.
  • OFC2: Twice the objective force constant in 1/(kcal/mol).
  • ErrMsgs: Number of errors reported by edge analysis.
  • Outliers: Number of warnings reported by edge analysis.
  • TI: Unconstrained TI free energy (kcal/mol) using trapezoidal rule integration
  • TI3n: Unconstrained TI free energy (kcal/mol) using natural cubic spline (zero 2nd derivative end-point conditions)
  • TI3c: Unconstrained TI free energy (kcal/mol) using clamped cubic spline (zero derivative end-point conditions)
Node Expt CFE-Expt CFE dCFE LMI AvgCC
acetic_acid_aq0.0000.0000.0000.0073.62e-120.000
acetic_acid_vac6.6900.7015.9890.0073.62e-120.000
N222222
Mean3.3450.3512.9940.0073.62e-120.000
MeanAbs3.3450.3512.9940.0073.62e-120.000
StdDev4.7310.4964.2350.0000.00e+000.000
Min0.0000.0000.0000.0073.62e-120.000
Max6.6900.7015.9890.0073.62e-120.000
Edge Expt CFE-Expt UFE dUFE CFE dCFE TI TI3n TI3c Shift LMI OFC2 AvgCC MaxCC ErrMsgs Outliers
acetic_acid_vac~acetic_acid_aq-6.6900.701-5.9890.013-5.9890.009-6.178-6.033-5.9930.0003.62e-122.28e-030.0000.00010
N1111111111111111
Mean-6.6900.701-5.9890.013-5.9890.009-6.178-6.033-5.9930.0003.62e-122.28e-030.0000.00010
MeanAbs6.6900.7015.9890.0135.9890.0096.1786.0335.9930.0003.62e-122.28e-030.0000.00010
StdDev0.0000.0000.0000.0000.0000.0000.0000.0000.0000.0000.00e+000.00e+000.0000.00000
Min-6.6900.701-5.9890.013-5.9890.009-6.178-6.033-5.9930.0003.62e-122.28e-030.0000.00010
Max-6.6900.701-5.9890.013-5.9890.009-6.178-6.033-5.9930.0003.62e-122.28e-030.0000.00010
Cycle Length UFE dUFE CC CC(TI) CC(TI3n) CC(TI3c)
N0000000
Mean00.0000.0000.0000.0000.0000.000
MeanAbs00.0000.0000.0000.0000.0000.000
StdDev00.0000.0000.0000.0000.0000.000
Min00.0000.0000.0000.0000.0000.000
Max00.0000.0000.0000.0000.0000.000
Node
NRR^2MADMSDRMSDmb
21.0001.0000.0000.0000.0001.0000.000
NRR^2MADMSDRMSDmb
21.0001.0002.994-2.9944.2350.1050.000
NRR^2MADMSDRMSDmb
21.0001.0000.351-0.3510.4960.8950.000
NRR^2MADMSDRMSDmb
21.0001.0003.345-3.3384.7260.0000.007
NRR^2MADMSDRMSDmb
20.0000.0003.345-3.3454.7310.0000.000
NRR^2MADMSDRMSDmb
20.0000.0003.345-3.3454.7310.0000.000
NRR^2MADMSDRMSDmb
21.0001.0002.9942.9944.2359.538-0.000
NRR^2MADMSDRMSDmb
21.0001.0000.0000.0000.0001.0000.000
NRR^2MADMSDRMSDmb
21.0001.0002.6442.6443.7398.5380.000
NRR^2MADMSDRMSDmb
21.0001.0000.351-0.3440.4910.0000.007
NRR^2MADMSDRMSDmb
20.0000.0000.351-0.3510.4960.0000.000
NRR^2MADMSDRMSDmb
20.0000.0000.351-0.3510.4960.0000.000
NRR^2MADMSDRMSDmb
21.0001.0000.3510.3510.4961.1170.000
NRR^2MADMSDRMSDmb
21.0001.0002.644-2.6443.7390.1170.000
NRR^2MADMSDRMSDmb
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NRR^2MADMSDRMSDmb
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NRR^2MADMSDRMSDmb
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NRR^2MADMSDRMSDmb
20.0000.0002.994-2.9944.2350.0000.000
NRR^2MADMSDRMSDmb
21.0001.0003.3453.3384.726296655571762300224.000-1989091660346349.000
NRR^2MADMSDRMSDmb
21.0001.0000.3510.3440.49131104061585289924.000-208554415933144.062
NRR^2MADMSDRMSDmb
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NRR^2MADMSDRMSDmb
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NRR^2MADMSDRMSDmb
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Node X:
Node Y:
Edge
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